Lệ phí tờ khai hải quan: Hướng dẫn A-Z cho doanh nghiệp

Lệ phí tờ khai hải quan là khoản chi phí bắt buộc mà mọi doanh nghiệp xuất nhập khẩu phải nắm vững để tối ưu hóa quy trình. Việc hiểu rõ mức thu, cách nộp và các trường hợp miễn giảm giúp dự toán ngân sách và đảm bảo thông quan suôn sẻ. Đồng hành cùng PTN Log để quy trình này trở nên đơn giản, tránh các rủi ro pháp lý và nâng cao năng lực cạnh tranh.

Tại sao mọi doanh nghiệp XNK phải nắm rõ về lệ phí tờ khai hải quan?

Việc nắm vững quy định về lệ phí tờ khai hải quan là yếu tố then chốt giúp doanh nghiệp xuất nhập khẩu (XNK) tối ưu hóa chi phí và đảm bảo quy trình thông quan diễn ra suôn sẻ.

Hiểu rõ các khoản phí này không chỉ giúp bạn dự toán ngân sách chính xác, tránh phát sinh chi phí ngoài dự kiến mà còn hạn chế rủi ro pháp lý.

Đặc biệt, việc phân biệt lệ phí tờ khai hải quan với các loại phí dịch vụ, hay trường hợp đặc thù như hàng phi mậu dịch, giúp doanh nghiệp tránh nhầm lẫn. Nắm được cơ sở pháp lý và các trường hợp được miễn giảm lệ phí sẽ là lợi thế lớn. Việc này giúp quản lý dòng tiền hiệu quả, đẩy nhanh quá trình thông quan. Từ đó nâng cao năng lực cạnh tranh trên thị trường.

Tham khảo ngay: Dịch vụ hải quan PTN – Giải pháp xuất nhập khẩu hàng đầu 2025

Lệ phí tờ khai hải quan là gì? Phân biệt các khái niệm dễ nhầm lẫn

Để quá trình thông quan diễn ra suôn sẻ, việc hiểu đúng và phân biệt rõ ràng các loại chi phí là bước đầu tiên và quan trọng nhất. Làm rõ bản chất của lệ phí hải quan sẽ tránh được những nhầm lẫn không đáng có.

Định nghĩa lệ phí tờ khai hải quan 

Theo quy định của pháp luật Việt Nam, tên gọi chính xác nhất là “lệ phí làm thủ tục hải quan”. Đây là khoản tiền mà mọi doanh nghiệp hoặc nhà cung cấp dịch vụ xuất nhập khẩu bắt buộc phải nộp cho cơ quan Hải quan. Điều này được thực hiện khai báo hải quan cho một lô hàng.

Khoản phí này được thu cho việc xử lý và xác nhận tờ khai, áp dụng cho cả hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thương mại quá cảnh hàng hóa và phương tiện vận tải qua biên giới. Việc hoàn thành nghĩa vụ nộp lệ phí tờ khai hải quan là điều kiện tiên quyết trong toàn bộ quy trình thủ tục hải quan.

Giải mã các tên gọi quen thuộc

Trong thực tế giao dịch và làm việc, nhiều người thường sử dụng các tên gọi khác nhau. Việc này dẫn đến nhầm lẫn cho những người mới bắt đầu. Tuy nhiên, tất cả các thuật ngữ dưới đây đều chỉ cùng một khoản lệ phí do nhà nước quy định:

• Phí mở tờ khai hải quan
• Chi phí mở tờ khai hải quan
• Phí tờ khai hải quan

Dù được gọi là “phí” hay “chi phí”, cũng cần hiểu rằng bản chất của chúng không đổi. Đây không phải là các khoản phí riêng lẻ mà chỉ là cách gọi thông dụng trong ngành để chỉ khoản lệ phí tờ khai hải quan duy nhất mà doanh nghiệp phải nộp vào Kho bạc Nhà nước.

Phân biệt phí dịch vụ hải quan và các chi phí khác

Nhầm lẫn giữa lệ phí nộp cho nhà nước và phí trả cho đơn vị dịch vụ là một trong những sai sót phổ biến nhất. Phí dịch vụ khai báo hải quan là chi phí trả cho một công ty dịch vụ (như đại lý hải quan, công ty logistics). Phí này để họ thay mặt doanh nghiệp thực hiện các nghiệp vụ. Mức phí sẽ không cố định, tùy thuộc vào thỏa thuận giữa hai bên.

Ngoài lệ phí tờ khai hải quan, một lô hàng còn có thể phải chịu thuế (nhập khẩu, GTGT, TTĐB…), phí kiểm tra chuyên ngành, phí lưu kho bãi… Nắm vững sự khác biệt này giúp doanh nghiệp minh bạch hóa chi phí và lựa chọn được giải pháp tối ưu nhất.

Đọc thêm kiến thức do PTN Logistics biên soạn trong chuyên mục dịch vụ hải quan

Mức thu lệ phí tờ khai hải quan theo Thông Tư 14/2021/TT-BTC

Việc nắm rõ mức phí, đối tượng áp dụng và các trường hợp miễn trừ theo quy định hiện hành là yếu tố cốt lõi giúp doanh nghiệp tuân thủ pháp luật và tối ưu hóa chi phí.

Cơ sở pháp lý và hiệu lực áp dụng

Mọi hoạt động thu phí và lệ phí của cơ quan nhà nước đều phải dựa trên một cơ sở pháp lý vững chắc. Đối với lệ phí trong lĩnh vực hải quan, văn bản pháp quy quan trọng nhất đang có hiệu lực là Thông tư 14/2021/TT-BTC do Bộ Tài chính ban hành. Văn bản này quy định cụ thể về mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí hải quan. Việc tuân thủ theo Thông tư này là trách nhiệm của cả doanh nghiệp và cơ quan Tổng cục Hải quan nhằm đảm bảo tính thống nhất trong việc thực hiện quy định của pháp luật.

Mức thu chi tiết và đối tượng áp dụng

Thông tư 14/2021/TT-BTC đã quy định một mức thu duy nhất, áp dụng đồng bộ trên toàn quốc nhằm tạo sự minh bạch và đơn giản hóa cho người nộp. Mức lệ phí tờ khai hải quan này được áp dụng cho tất cả các doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân có hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu cần làm thủ tục với cơ quan hải quan, trừ các đối tượng được miễn trừ.

Theo quy định, mức lệ phí cố định là 20.000 đồng cho mỗi tờ khai hải quan. Áp dụng cho tờ khai xuất khẩu, nhập khẩu, và các loại hình khác.

Mức phí này được áp dụng chung cho cả tờ khai hàng hóa xuất khẩu, tờ khai hàng hóa nhập khẩu. Trong đó bao gồm cả loại hình kinh doanh, phi mậu dịch và các loại hình đặc thù khác.

Các trường hợp được miễn lệ phí tờ khai hải quan

Pháp luật cũng quy định rõ các đối tượng không chịu phí nhằm thực hiện chính sách nhân đạo và ngoại giao của Nhà nước. Theo đó, doanh nghiệp sẽ được miễn lệ phí hải quan trong một số trường hợp cụ thể.

Các trường hợp phổ biến nhất bao gồm:

• Hàng hóa viện trợ nhân đạo
• Hàng quà biếu, quà tặng trong định mức miễn thuế của các tổ chức, cá nhân
• Hàng hóa phục vụ các cơ quan đại diện ngoại giao

Việc xác định đúng lô hàng của mình có thuộc diện được miễn lệ phí tờ khai hải quan hay không sẽ giúp doanh nghiệp tiết kiệm một phần chi phí đáng kể. Tuân thủ quy định thu phí tờ khai hải quan là nghĩa vụ. Đồng thời, đây cũng là quyền lợi trực tiếp của chính doanh nghiệp.

Hướng dẫn quy trình nộp lệ phí tờ khai hải quan 

Sau khi nắm rõ mức phí, bước tiếp theo doanh nghiệp cần thực hiện chính xác là quy trình nộp tiền vào ngân sách nhà nước để đảm bảo tiến độ thông quan.

Thời điểm nộp lệ phí là khi nào?

Thời điểm nộp lệ phí tờ khai hải quan được quy định tại Thông tư 14/2021/TT-BTC về mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí hải quan và lệ phí hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh. Cụ thể:

• Trường hợp nộp từng lần: Người nộp phí, lệ phí phải nộp phí, lệ phí ngay khi đăng ký tờ khai hải quan.
• Trường hợp đăng ký tờ khai nhiều lần trong tháng (nộp theo tháng): Người nộp phí, lệ phí có thể đăng ký với tổ chức thu phí, lệ phí để nộp theo tháng. Thời hạn chậm nhất để nộp là trong thời gian 10 ngày đầu của tháng tiếp theo.

Đối với thuế hải quan, thời điểm tính thuế là thời điểm đăng ký tờ khai hải quan. Thời hạn nộp thuế cũng có những quy định cụ thể tùy thuộc vào loại hình xuất nhập khẩu và chính sách của Nhà nước.

Hướng dẫn 3 phương thức nộp lệ phí phổ biến

Hiện nay, có nhiều cách nộp lệ phí hải quan linh hoạt để doanh nghiệp lựa chọn. Dù chọn phương thức nào, điều quan trọng là phải chuyển tiền chính xác vào tài khoản Kho bạc Nhà nước.

Phương thức thứ nhất

Nộp tiền mặt trực tiếp tại Kho bạc/Hải quan. Đây là phương pháp truyền thống. Doanh nghiệp có thể đến trực tiếp Kho bạc Nhà nước hoặc các điểm thu của Chi cục Hải quan nơi mở tờ khai để nộp tiền mặt.

Phương thức thứ hai

Doanh nghiệp có thể thực hiện chuyển khoản lệ phí tờ khai hải quan qua ngân hàng từ tài khoản của mình.

Mẫu nội dung: [Tên công ty] [Mã số thuế] nộp lệ phí tờ khai số [Số tờ khai] ngày [dd/mm/yyyy]

Phương thức thứ ba

Nộp qua Cổng thanh toán điện tử và thông quan 24/7. Đây là phương thức hiện đại và được khuyến khích nhất. Phương thức này cho phép doanh nghiệp nộp tiền mọi lúc mọi nơi thông qua Cổng thanh toán điện tử 24/7 của Tổng cục Hải quan.

Hướng dẫn cách lấy và lưu trữ chứng từ nộp lệ phí hợp lệ

Doanh nghiệp cần phải lưu giữ đầy đủ chứng từ nộp tiền. Đây là bằng chứng hạch toán và giải trình khi kiểm tra sau thông quan. Tùy vào phương thức nộp, chứng từ hợp lệ có thể là giấy nộp tiền có xác nhận của Kho bạc. Hoặc cũng có thể là ủy nhiệm chi có dấu của ngân hàng, biên lai điện tử có chữ ký số khi thanh toán qua cổng 24/7.

Việc lưu trữ cẩn thận các giấy tờ chứng minh đã hoàn thành nghĩa vụ nộp lệ phí tờ khai hải quan giúp doanh nghiệp bảo vệ quyền lợi và sự minh bạch tài chính của mình. Nắm vững các phương thức và quy trình trên sẽ giúp doanh nghiệp chủ động trong mọi khâu. Điều này góp phần thông quan nhanh chóng.

 

Tổng ợp các sai lầm thường gặp khi xử lý lệ phí tờ khai hải quan và cách khắc phục

Ngay cả với một khoản phí nhỏ, những sai sót trong quá trình xử lý cũng có thể gây ra những trì hoãn và chi phí không đáng có.

Nộp sai, nộp thừa/thiếu số tiền

Mặc dù mức lệ phí tờ khai hải quan đã được niêm yết cố định, sai sót về số tiền vẫn xảy ra. Nếu nộp thiếu dù chỉ một đồng, hệ thống sẽ không ghi nhận hoàn thành nghĩa vụ. Khi đó tờ khai không thể thông quan.

Ngược lại, nộp thừa sẽ dẫn đến quy trình hoàn tiền từ kho bạc rất phức tạp. Việc này gây tốn kém thời gian, công sức cho cả doanh nghiệp. Sai sót nghiêm trọng có thể phải hủy tờ khai, khai báo lại từ đầu. Điều này làm ảnh hưởng tiến độ giao hàng và làm tăng chi phí logistics.

Xem ngay: Hủy tờ khai hải quan có bị phạt không? Quy định cần biết

Ghi sai thông tin chuyển khoản

Đây là một trong những sai sót khi khai báo phổ biến nhất khi nộp lệ phí. Nhiều doanh nghiệp thường ghi sai, thiếu số tờ khai, sai mã hiệu hải quan. Ngoài ra còn sai thông tin của Kho bạc Nhà nước trên lệnh chuyển tiền. Việc này sẽ khiến khoản thanh toán không được hệ thống ghi nhận tự động.

Lúc này, tiền đã chuyển đi nhưng tờ khai vẫn ở trạng thái “chưa nộp phí”. Doanh nghiệp sẽ phải tốn thời gian để sao kê, đối chiếu và làm công văn giải trình với cơ quan hải quan để xử lý tra soát. Việc này sẽ gây chậm trễ đáng kể cho việc thông quan lô hàng.

Không lưu giữ chứng từ để quyết toán

Nhiều doanh nghiệp cho rằng chỉ cần nộp tiền là xong mà bỏ qua việc lưu trữ chứng từ. Đây là một thiếu sót nghiêm trọng. Chứng từ nộp lệ phí tờ khai hải quan là bằng chứng pháp lý duy nhất để hạch toán kế toán và phục vụ cho công tác kiểm tra sau thông quan.

Doanh nghiệp phải xuất trình được bằng chứng nộp phí khi được yêu cầu. Nếu không, có thể bị nghi ngờ tuân thủ và đối mặt rủi ro bị phạt.

Nhầm lẫn giữa lệ phí nhà nước và phí dịch vụ của đại lý

Khi sử dụng dịch vụ của một đại lý khai thuê hải quan, doanh nghiệp sẽ phải thanh toán hai khoản tiền riêng biệt:

• Lệ phí nộp cho nhà nước
• Phí dịch vụ trả cho đại lý

Doanh nghiệp dễ nhầm lẫn khi thanh toán gộp các khoản cho đại lý. Hoặc chuyển nhầm phí dịch vụ của họ vào tài khoản Kho bạc Nhà nước. Sai sót này gây khó khăn lớn cho tất cả các bên liên quan. Đặc biệt, sẽ gây ảnh hưởng đến việc đối soát công nợ và nghĩa vụ tài chính.

Đồng thời cũng cho thấy tầm quan trọng của việc phân biệt rõ đâu là lệ phí tờ khai hải quan và đâu là phí dịch vụ. Hiểu rõ những sai lầm này chính là bước đầu tiên để xây dựng một quy trình nghiệp vụ chuẩn xác, tiết kiệm và hiệu quả.

Tối ưu hóa chi phí thủ tục hải quan cùng PTN Logistics

Tuân thủ quy định về lệ phí mới chỉ là điều kiện cần thiết. Để thành công, doanh nghiệp cần có chiến lược toàn diện để tối ưu hóa mọi chi phí.

Lệ phí chỉ là khởi đầu, chi phí thực sự nằm ở đâu?

Nhiều doanh nghiệp chỉ tập trung vào khoản lệ phí tờ khai hải quan 20.000 VNĐ mà vô tình bỏ qua những chi phí tiềm ẩn lớn hơn rất nhiều. Chi phí thực sự không nằm ở lệ phí, mà nằm ở các rủi ro như:

• Sai sót tờ khai dẫn đến phạt hành chính
• Chậm trễ thông quan gây phát sinh phí lưu kho, lưu bãi (DEM/DET) tốn kém
• Mất thời gian và nhân lực để xử lý các thủ tục phức tạp.

Do đó, việc tối ưu hóa chi phí hải quan không chỉ là tiết kiệm lệ phí, mà là quản lý hiệu quả toàn bộ quy trình để tránh những tổn thất này.

Liên hệ PTN Logistics ngay hôm nay để nhận báo giá dịch vụ khai hải quan trọn gói.

PTN Logistics cam kết minh bạch và hiệu quả

Là một công ty dịch vụ logistics chuyên nghiệp, PTN Logistics hiểu rằng sự minh bạch là nền tảng của niềm tin. Chúng tôi luôn rõ ràng khoản lệ phí tờ khai hải quan phải nộp cho nhà nước và phí dịch vụ của mình.

Công ty PTN tư vấn hải quan chuyên sâu giúp bạn phòng tránh mọi sai sót. Nhờ đó, quy trình nghiệp vụ hiệu quả, đảm bảo thông quan hàng hóa nhanh chóng. PTN không chỉ giúp bạn nộp một khoản lệ phí mà còn giúp bạn bảo vệ lợi nhuận của mình.

Tóm lại, nắm vững lệ phí tờ khai hải quan cùng các quy định miễn, giảm và quy trình nộp đúng hạn là chìa khóa giúp doanh nghiệp tiết kiệm chi phí, thông quan nhanh và tránh rủi ro pháp lý. Nếu bạn cần tư vấn chi tiết hoặc hỗ trợ trọn gói, hãy liên hệ ngay PTN Logistics để được tối ưu hóa thủ tục và bảo vệ lợi nhuận cho bạn.

Thông tin liên hệ 

• Hotline: 1900 2197 – 0935 333 999
• Email: nam.nguyen@ptnlogistics.com

Các câu hỏi thường gặp về lệ phí tờ khai hải quan