Nộp thuế tờ khai hải quan: 5 bước thực hiện chuẩn xác nhất!

Quy trình nộp thuế tờ khai hải quan hiện nay đã được số hóa hoàn toàn, giúp rút ngắn đáng kể thời gian xử lý lô hàng. Thế nhưng, chỉ một sai sót nhỏ về Mã chương hay Tiểu mục cũng có thể gây ách tắc tại cảng. Hãy tham khảo ngay hướng dẫn chuyên sâu từ PTN Logistics để nắm vững cách thức thanh toán và giải pháp tối ưu thuế nhập khẩu tối đa.

Điều kiện cần để thực hiện nộp thuế tờ khai hải quan điện tử

Để quy trình nộp thuế tờ khai hải quan diễn ra suôn sẻ và tránh các lỗi từ chối giao dịch trên hệ thống E-payment, doanh nghiệp bắt buộc phải chuẩn bị kỹ lưỡng 3 nền tảng kỹ thuật và pháp lý dưới đây.

Chữ ký số (Token) và tài khoản VNACCS

Đầu tiên, Chữ ký số doanh nghiệp (Token) đóng vai trò như “con dấu điện tử” xác thực tính pháp lý và bảo mật trong mọi giao dịch hải quan. Để thực hiện nghĩa vụ thuế, Token phải còn hiệu lực sử dụng và đã được đăng ký tích hợp đồng bộ trên Tài khoản VNACCS/VCIS.

Song song đó, doanh nghiệp bắt buộc phải hoàn tất thủ tục Đăng ký nộp thuế điện tử (đăng ký nhờ thu) giữa Hải quan và Ngân hàng thương mại. Nếu bỏ qua bước liên kết định danh quan trọng này, Cổng thanh toán điện tử 24/7 sẽ từ chối giao dịch do không xác định được chủ thể nộp thuế.

Ủy quyền trích nợ tài khoản ngân hàng

Thứ hai, doanh nghiệp cần sở hữu tài khoản thanh toán tại danh sách Ngân hàng phối hợp thu đã ký kết thỏa thuận với Tổng cục Hải quan (như Vietcombank, Vietinbank, BIDV, MBBank…). Để tối ưu hóa tốc độ xử lý khi nộp thuế tờ khai hải quan, doanh nghiệp nên thực hiện Ủy quyền trích nợ tự động ngay tại quầy giao dịch của ngân hàng.

Cơ chế này cho phép hệ thống hải quan tự động trích tiền thuế ngay khi doanh nghiệp phát lệnh, giảm thiểu sai sót nhập liệu thủ công. Hãy đảm bảo số dư khả dụng luôn đủ để chi trả cho các lần nộp thuế tờ khai hải quan và phí dịch vụ liên quan.

Tờ khai hải quan đã có kết quả phân luồng

Cuối cùng, hệ thống chỉ chấp nhận xử lý thanh toán khi lô hàng đã có Kết quả phân luồng tờ khai (Xanh, Vàng hoặc Đỏ) và được cấp Số tờ khai chính thức.

Doanh nghiệp tuyệt đối không thực hiện nộp thuế tờ khai hải quan cho các tờ khai đang ở trạng thái khai nháp (IDA) hoặc tờ khai đã hủy, vì Kho bạc sẽ không có dữ liệu đối chiếu để gạch nợ. Việc có số tờ khai chính thức đảm bảo số tiền thuế được hệ thống tính toán chuẩn xác theo mã HS và thuế suất hiện hành, giúp doanh nghiệp tránh rủi ro treo tiền khi thực hiện nộp thuế tờ khai hải quan.

Xem thêm: Dịch vụ hải quan PTN: giải pháp xuất nhập khẩu hàng đầu 2025

Các sắc thuế chính phải nộp khi mở tờ khai hải quan

Việc xác định đúng và đủ các loại thuế ngay từ đầu giúp doanh nghiệp chủ động dòng tiền, tránh trường hợp số tiền nộp thuế tờ khai hải quan thực tế cao hơn dự toán, gây ách tắc hàng hóa tại cảng.

Thuế Nhập khẩu (Import Duty)

Tra cứu Biểu thuế xuất nhập khẩu 2025 và áp đúng Mã HS (HS Code) là bước tiên quyết để tính toán chi phí. Doanh nghiệp cần phân biệt rõ thuế suất ưu đãi, thuế suất thông thường và đặc biệt là Thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt khi có C/O (Giấy chứng nhận xuất xứ) (như Form E, D, VJ…) hợp lệ.

Sai lệch ở khâu áp mã này sẽ khiến số tiền nộp thuế tờ khai hải quan bị tính sai, dẫn đến rủi ro bị cơ quan hải quan ấn định thuế hoặc xử phạt vi phạm hành chính sau thông quan.

Thuế Giá trị gia tăng (VAT) hàng nhập khẩu

Thuế giá trị gia tăng (VAT) hàng nhập khẩu là khoản thu phổ biến nhất, thường ở mức 8% hoặc 10%. Công thức tính dựa trên Trị giá tính thuế hải quan (thường là giá CIF) cộng với thuế nhập khẩu và các thuế khác (nếu có).

Nhiều kế toán nhầm lẫn tính VAT trên giá Invoice, dẫn đến việc chuyển tiền nộp thuế tờ khai hải quan bị thiếu. Lưu ý, hệ thống chỉ gạch nợ thành công khi số tiền chuyển khớp hoàn toàn với tổng thuế trên tờ khai, do đó hãy kiểm tra kỹ trước khi nộp thuế chính thức.

Thuế Tự vệ, Chống bán phá giá

Với các mặt hàng “nhạy cảm” như thép, đường mía, hay sợi, doanh nghiệp cần cảnh giác cao độ với Thuế chống bán phá giá hoặc thuế tự vệ. Đây là biện pháp phòng vệ thương mại có mức thuế suất biến động theo từng quyết định của Bộ Công Thương.

Nếu không cập nhật kịp thời, chủ hàng sẽ bị “sốc” với số tiền khổng lồ phải chi trả khi nộp thuế tờ khai hải quan, thậm chí gây thua lỗ nặng nề. Do đó, việc tham vấn đơn vị dịch vụ trước khi nhập hàng là vô cùng cần thiết.

Thuế Tiêu thụ đặc biệt và Thuế Bảo vệ môi trường

Không phải lô hàng nào cũng chịu Thuế tiêu thụ đặc biệt (như rượu, bia, xe ô tô…) hay Thuế bảo vệ môi trường (xăng dầu, túi ni lông, than đá…). Tuy nhiên, nếu kinh doanh các mặt hàng này, mức thuế suất áp dụng thường rất cao.

Việc bỏ sót các sắc thuế đặc thù trong bản dự toán tài chính sẽ gây thiếu hụt ngân sách nghiêm trọng khi thực hiện nộp thuế tờ khai hải quan, dẫn đến tình trạng hàng hóa bị lưu kho bãi lâu ngày, đội chi phí logistics do chưa hoàn thành nghĩa vụ với ngân sách nhà nước.

Lô hàng của bạn đang bị treo vì lỗi nộp thuế? Liên hệ PTN Logistics để chúng tôi cử nhân sự hiện trường xử lý thông quan khẩn cấp

Quy trình 5 bước nộp thuế tờ khai hải quan trên cổng 24/7

Để đảm bảo tính chính xác và an toàn bảo mật, doanh nghiệp cần tuân thủ tuyệt đối trình tự 5 bước thao tác trên hệ thống nộp thuế điện tử dưới đây.

Bước 1: Truy cập và đăng nhập hệ thống

Doanh nghiệp bắt đầu bằng việc truy cập Cổng thanh toán điện tử Hải quan (E-payment) tại địa chỉ chính thức epayment.customs.gov.vn. Tại giao diện trang chủ, sử dụng tài khoản quản trị (đã đăng ký Token) để đăng nhập hệ thống.

Sau đó, trên thanh công cụ, bạn chọn menu “Nộp thuế” để khởi tạo quy trình nộp thuế tờ khai hải quan. Việc truy cập đúng đường dẫn giúp tránh rủi ro đánh cắp thông tin từ các trang web giả mạo, đảm bảo an toàn tuyệt đối cho dữ liệu tài chính của doanh nghiệp.

Bước 2: Tra cứu thông tin nợ thuế

Tại màn hình chức năng, nhân viên Tra cứu thông tin nợ thuế bằng cách nhập chính xác Mã số thuế và Số tờ khai cần thanh toán. Hệ thống sẽ hiển thị chi tiết các khoản phải nộp.

Lưu ý, doanh nghiệp cần đối chiếu kỹ loại hình xuất/nhập khẩu, tránh tình trạng nộp thuế tờ khai hải quan nhầm cho các tờ khai đã hủy hoặc tờ khai nháp (IDA). Việc cẩn trọng ở bước này giúp kế toán hạn chế tối đa sai sót, không phải mất thời gian làm thủ tục hoàn thuế rườm rà sau khi đã lỡ nộp thuế tờ khai hải quan sai đối tượng.

Bước 3: Tạo giấy nộp tiền (Giấy nộp tiền vào NSNN)

Hệ thống sẽ tự động tạo Giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước. Nhiệm vụ quan trọng nhất lúc này là rà soát Mã chương, Mã tiểu mục (Mã nội dung kinh tế – NDKT) và Cơ quan thu (Chi cục Hải quan). Nếu sai các mã định danh này, tiền sẽ bị “treo” tại kho bạc dù doanh nghiệp đã hoàn tất nộp thuế tờ khai hải quan trên giao diện ngân hàng.

Sau khi chốt đúng thông tin, bạn chọn ngân hàng ủy quyền trích nợ và số tài khoản thanh toán để tiếp tục quy trình nộp thuế tờ khai hải quan sang bước phê duyệt.

Bước 4: Ký số và phê duyệt lệnh chuyển tiền

Đến bước này, người dùng cắm USB Token vào máy tính để thực hiện ký số. Hệ thống yêu cầu nhập mã PIN để xác thực lệnh chuyển tiền từ tài khoản doanh nghiệp. Sau khi ký xong, màn hình sẽ hiển thị thông báo Xác nhận giao dịch thành công. Điều này đồng nghĩa với việc yêu cầu nộp thuế tờ khai hải quan của bạn đã được gửi sang ngân hàng phối hợp thu để xử lý trừ tiền.

Hãy chụp lại màn hình thông báo này để làm bằng chứng đối chiếu giao dịch nếu có sự cố đường truyền mạng xảy ra sau đó.

Bước 5: Kiểm tra trạng thái gạch nợ

Sau khoảng 5-15 phút, bạn quay lại hệ thống để kiểm tra Trạng thái gạch nợ của tờ khai. Nếu trạng thái chuyển từ “Chưa nộp” sang “Đã nộp”, nghĩa là nghĩa vụ nộp thuế tờ khai hải quan đã hoàn tất và hệ thống VNACCS tự động cấp phép Thông quan hàng hóa.

Ngược lại, nếu tiền đã trừ mà trạng thái chưa đổi, doanh nghiệp cần liên hệ ngay bộ phận hỗ trợ. Việc theo dõi sát sao kết quả nộp thuế tờ khai hải quan giúp giải phóng hàng nhanh chóng, tránh phát sinh phí lưu kho bãi (DEM/DET) không đáng có.

Bạn không tra được nợ thuế trên hệ thống? Chat ngay với Zalo OA PTN Logistics để chuyên viên kiểm tra miễn phí giúp bạn

Các phương thức nộp thuế tờ khai hải quan hiện nay

Hiện nay, cơ quan hải quan đã đa dạng hóa các kênh thanh toán, tuy nhiên mức độ tiện lợi và tốc độ xử lý của mỗi phương thức là khác nhau.

Thanh toán trực tiếp tại kho bạc/ngân hàng (Cách truyền thống – ít dùng)

Hình thức Nộp tiền tại Kho bạc Nhà nước hoặc nộp tiền mặt tại quầy hiện ít được ưa chuộng do tốn thời gian di chuyển và phụ thuộc giờ hành chính. Khi thực hiện nộp thuế tờ khai hải quan theo cách thủ công này, kế toán phải mang hồ sơ giấy đi nhập liệu, tiềm ẩn rủi ro sai sót thông tin cao. Hậu quả là quá trình bị chậm trễ, tiền không được gạch nợ tức thì, khiến hàng hóa dễ bị ách tắc tại cảng chờ thông quan.

Thanh toán qua cổng thanh toán điện tử 24/7 của Tổng cục Hải quan (Phổ biến nhất)

Đây là giải pháp tối ưu được cơ quan chức năng khuyến khích. Thông qua hệ thống Nộp thuế điện tử 24/7, doanh nghiệp chủ động tạo giấy nộp tiền mọi lúc mọi nơi. Ưu điểm lớn nhất khi nộp thuế qua cổng này là tính năng gạch nợ tự động tức thời. Ngoài ra, bạn dễ dàng thanh toán cả Lệ phí hải quan cùng lúc, đảm bảo quy trình nộp thuế tờ khai hải quan diễn ra đồng bộ, chính xác và được lưu vết rõ ràng trên hệ thống E-payment.

Xem thêm: Quy trình 5 bước truyền tờ khai hải quan điện tử 

Thanh toán qua Internet Banking của các ngân hàng phối hợp thu

Việc sử dụng Internet Banking doanh nghiệp của các ngân hàng lớn (Vietcombank, BIDV…) giúp việc nộp thuế trở nên cực kỳ thuận tiện và bảo mật. Ngược lại, phương thức Chuyển khoản liên ngân hàng từ đơn vị chưa phối hợp thu thường rủi ro cao do thiếu mã định danh chuẩn. Do đó, để an toàn nhất khi nộp thuế tờ khai hải quan, doanh nghiệp hãy ưu tiên lựa chọn các ngân hàng đã kết nối dữ liệu trực tiếp với Tổng cục Hải quan.

Giải pháp nộp thuế tờ khai hải quan và thông quan trọn gói tại PTN Logistics

Thấu hiểu những rủi ro pháp lý và áp lực chi phí của doanh nghiệp, PTN Logistics cung cấp giải pháp toàn diện giúp gỡ rối mọi vướng mắc trong quy trình thông quan.

Tư vấn mã HS Code chuẩn xác – Tối ưu chi phí thuế ngay từ đầu

Áp sai mã HS là nguyên nhân chính khiến doanh nghiệp bị truy thu thuế. Tại PTN Logistics, quy trình Tư vấn thủ tục hải quan được thực hiện bởi chuyên gia am hiểu biểu thuế, giúp doanh nghiệp Tối ưu chi phí thuế xuất nhập khẩu hợp pháp. Nhờ đó, số tiền nộp thuế tờ khai hải quan luôn được tính toán chuẩn xác, loại bỏ hoàn toàn nguy cơ bị xử phạt hành chính do khai báo sai lệch khi tự nộp thuế tờ khai hải quan.

Hỗ trợ nộp thuế 24/7 và xử lý sự cố phát sinh tức thì

Để tránh hàng hóa bị “giam” do lỗi hệ thống, chúng tôi thực hiện nghiệp vụ Tra soát nộp thuế trực tiếp với Kho bạc. Đội ngũ hiện trường sẵn sàng Xử lý sự cố nộp thuế khẩn cấp, khắc phục ngay tình trạng chưa gạch nợ dù doanh nghiệp đã nộp thuế tờ khai hải quan. Sự hỗ trợ kỹ thuật kịp thời này giúp quy trình diễn ra thông suốt, không làm đứt gãy chuỗi cung ứng.

Dịch vụ Logistics “All-in-one” – Từ nộp thuế đến giao hàng tận kho

Là Đại lý làm thủ tục hải quan chuyên nghiệp, PTN mang đến Dịch vụ khai báo hải quan trọn gói từ A-Z. Chúng tôi thay mặt doanh nghiệp thực hiện nộp thuế tờ khai hải quan nhanh chóng và điều phối vận tải để hạn chế tối đa Phí lưu kho bãi (DEM/DET). Giải pháp đồng bộ này giúp chủ hàng an tâm kinh doanh, không còn lo lắng rủi ro chậm trễ như khi tự mình đi nộp thuế tờ khai hải quan.

Nhận Báo giá Dịch vụ thông quan & Nộp thuế hộ tốt nhất tháng từ PTN Logistics ngay!

Quy trình nộp thuế tờ khai hải quan chính xác giúp doanh nghiệp chủ động dòng tiền và tránh rủi ro pháp lý sau thông quan. Nếu bạn cần một đối tác am hiểu luật để xử lý trọn gói các thủ tục phức tạp này, PTN Logistics chính là lựa chọn tin cậy. Liên hệ ngay Hotline của chúng tôi để được tư vấn giải pháp thông quan an toàn và báo giá ưu đãi nhất tháng này.

Thông tin liên hệ

• Hotline: 1900 2197 – 0935 333 999
• Email: nam.nguyen@ptnlogistics.com

Các câu hỏi thường gặp về nộp thuế tờ khai hải quan