Hướng dẫn nộp lệ phí tờ khai hải quan online nhanh chóng

Nộp lệ phí tờ khai hải quan online là bước giúp hàng hóa được thông quan nhanh chóng. Đồng thời giảm thiểu chi phí lưu kho bãi không đáng có. Tuy nhiên, nhiều doanh nghiệp vẫn gặp khó khăn khi thao tác trên hệ thống 24/7 hoặc chưa nắm rõ quy trình sử dụng dịch vụ hải quan điện tử. Cùng PTN Logistics khám phá để thực hiện thanh toán chính xác và an toàn nhất.

Tổng quan về phí và lệ phí trong thủ tục hải quan

Để thực hiện nộp lệ phí tờ khai hải quan online chính xác, trước tiên doanh nghiệp cần phân định rõ các khoản phải thu của ngân sách nhà nước trong hoạt động xuất nhập khẩu.

Phân biệt Lệ phí hải quan và Thuế xuất nhập khẩu

• Thuế giá trị gia tăng hàng nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt hay thuế bảo vệ môi trường là nghĩa vụ tài chính tính trên trị giá hàng hóa.
• Lệ phí làm thủ tục hải quan là khoản thu cố định cho việc thực hiện quản lý nhà nước.

Khi thực hiện nộp lệ phí tờ khai hải quan online, doanh nghiệp cần tách biệt rõ ràng các mã tiểu mục để tránh việc hệ thống ghi nhận sai khoản nộp. Từ đó gây khó khăn cho việc thanh khoản sau này.

Tìm hiểu thêm: Nghị định 134 về thuế xuất nhập khẩu quy định như thế nào?

Tại sao doanh nghiệp Logistics nên chuyển sang nộp online

So với nộp tiền mặt truyền thống, phương thức nộp lệ phí tờ khai hải quan online mang lại lợi ích vượt trội hơn.

Lợi thế lớn nhất là khả năng thông quan hàng hóa và giải phóng hàng ngay lập tức, kể cả ngoài giờ hành chính hay dịp lễ tết. Việc này giúp giảm thiểu rủi ro lưu kho bãi, cắt giảm chi phí Dem/Det.

Hơn nữa, nộp lệ phí tờ khai hải quan online giúp doanh nghiệp lưu trữ hồ sơ điện tử minh bạch. Nhờ vậy dễ dàng tra soát và đối chiếu công nợ với cơ quan hải quan bất kỳ lúc nào. Đồng thời đảm bảo tính chính xác tuyệt đối trong quản lý tài chính.

Lo ngại phí phát sinh? Nhận báo giá Logistics trọn gói, cam kết không phí ẩn.

Căn cứ pháp lý và mức nộp lệ phí hiện hành (Theo Thông tư 86/2025/TT-BTC)

Mọi nghiệp vụ tài chính liên quan đến thông quan hàng hóa hiện nay đều phải tuân thủ nghiêm ngặt Thông tư 86/2025/TT-BTC quy định chi tiết về mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí hải quan.

Quy định pháp lý và đối tượng áp dụng theo Thông tư 86/2025/TT-BTC

Kể từ ngày 12/10/2025, Thông tư 86/2025/TT-BTC chính thức có hiệu lực thi hành, thay thế hoàn toàn cho Thông tư 14/2021/TT-BTC trước đây. Văn bản này quy định rõ đối tượng có nghĩa vụ nộp phí bao gồm:

• Tổ chức, cá nhân thực hiện khai báo đối với hàng hóa xuất nhập khẩu
• Đơn vị đề nghị cấp sổ tạm quản hoặc các chủ thể quyền sở hữu trí tuệ yêu cầu giám sát hải quan

Việc cập nhật văn bản mới là bắt buộc để chuẩn hóa quy trình nộp lệ phí tờ khai hải quan online, đảm bảo tính đồng bộ dữ liệu với cơ quan chức năng. Bất kỳ sự thiếu hụt thông tin pháp lý nào trong giai đoạn chuyển giao này đều có thể dẫn đến rủi ro chậm trễ trong khâu xử lý chứng từ hoặc phát sinh vướng mắc khi quyết toán thuế với cơ quan nhà nước.

Xem thêm: Những đối tượng không chịu thuế nhập khẩu

Biểu mức thu phí hải quan và lệ phí quá cảnh chi tiết

Căn cứ theo quy định hiện hành, mức lệ phí làm thủ tục hải quan được ấn định cụ thể là 20.000 đồng cho mỗi tờ khai.

• Đối với các lô hàng hóa hoặc phương tiện vận tải quá cảnh, mức phí áp dụng là 200.000 đồng/tờ khai
• Riêng trường hợp cấp sổ ATA (sổ tạm quản) phục vụ cơ chế tạm xuất tái nhập, khung phí dao động từ 500.000 đồng đến 1.000.000 đồng/sổ tùy từng trường hợp

Bộ phận kế toán cần cập nhật chính xác biểu phí. Việc đảm bảo nguồn tài chính sẵn sàng giúp ngăn chặn tình trạng gián đoạn thông quan do lỗi thanh toán thiếu tiền hoặc giao dịch bị từ chối bởi hệ thống ngân hàng phối hợp thu.

Các trường hợp miễn nộp phí và lưu ý tuân thủ

Hệ thống pháp luật quy định các trường hợp được miễn nộp phí gồm:

• Hàng viện trợ nhân đạo
• Hàng bưu chính, chuyển phát nhanh có trị giá thấp
• Hàng hóa mua bán trao đổi của cư dân biên giới

Do các khoản phí này thuộc ngân sách nhà nước, mọi trường hợp miễn giảm đều phải được hệ thống VNACCS xác nhận trạng thái cụ thể. Doanh nghiệp bắt buộc phải rà soát kỹ thông báo nợ phí trên tờ khai để tránh thao tác thanh toán thừa. Từ đó dẫn đến quy trình hoàn trả phức tạp và mất thời gian.

Việc tuân thủ nghiêm ngặt Thông tư 86/2025/TT-BTC khi nộp lệ phí tờ khai hải quan online là điều kiện tiên quyết giúp hồ sơ chứng từ hợp lệ. Đồng thời đẩy nhanh tiến độ giải phóng hàng hóa tại cửa khẩu và tối ưu hóa chi phí vận hành logistics.

Đừng bỏ lỡ: Dịch vụ khai báo hải quan tối ưu và chuyên nghiệp tại PTN Logistics

Điều kiện cần để nộp lệ phí và thuế tờ khai hải quan online

Để quy trình nộp lệ phí tờ khai hải quan online diễn ra suôn sẻ, doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ hạ tầng kỹ thuật và tài khoản kết nối

Chữ ký số và tài khoản VNACCS/VCIS

Điều kiện để nộp lệ phí tờ khai hải quan online là doanh nghiệp phải sở hữu chữ ký số doanh nghiệp (Token) còn hiệu lực. Đồng thời chữ ký phải được đăng ký với cơ quan hải quan.

Chữ ký số này dùng để xác thực giao dịch trên hệ thống VNACCS/VCIS và cổng thanh toán. Nếu hết hạn hoặc chưa được cập nhật serial number mới lên hệ thống, thao tác nộp lệ phí tờ khai hải quan online sẽ bị lỗi xác thực ngay lập tức.

Do đó, bộ phận IT và xuất nhập khẩu cần phối hợp kiểm tra định kỳ tính khả dụng của thiết bị này.

Tài khoản ngân hàng thương mại đã ủy nhiệm thu

Doanh nghiệp chỉ có thể thực hiện nộp lệ phí tờ khai hải quan online qua các ngân hàng đã kết nối với Tổng cục Hải quan. Hiện nay, hầu hết các ngân hàng lớn đều là ngân hàng phối hợp thu hoặc ngân hàng ủy nhiệm thu.

Doanh nghiệp cần đăng ký dịch vụ nộp thuế điện tử với ngân hàng và kích hoạt tài khoản nộp thuế điện tử. Việc liên kết này cho phép hệ thống tự động trích nợ và truyền thông tin sang hải quan ngay khi lệnh nộp lệ phí được ký duyệt. Từ đó rút ngắn tối đa thời gian chờ đợi.

Thủ tục nộp thuế quá phức tạp? Nhận tư vấn giải pháp tối ưu từ PTN ngay.

 Quy trình 5 bước nộp lệ phí tờ khai hải quan online

Dưới đây là quy trình chuẩn xác nhất để thực hiện nộp lệ phí tờ khai hải quan online trên Cổng thanh toán điện tử và Thông quan 24/7.

Bước 1: Truy cập Cổng thanh toán điện tử Hải quan

Người nộp thuế truy cập vào địa chỉ cổng thanh toán điện tử hải quan 24/7 (epayment.customs.gov.vn). Tại giao diện đăng nhập, sử dụng tài khoản VNACCS đã đăng ký để truy cập hệ thống nộp lệ phí tờ khai hải quan online.

Lưu ý, cần cắm USB Token vào máy tính và cài đặt đầy đủ plugin ký số Java để đảm bảo trình duyệt nhận diện được thiết bị.

Việc truy cập đúng cổng chính thức giúp bảo mật thông tin tài chính khi thực hiện nộp lệ phí tờ khai hải quan online.

Bước 2: Tra cứu tờ khai và số tiền thuế/lệ phí phải nộp

Tại menu chức năng, chọn mục “Tra cứu thông tin nợ thuế”.

Nhập số tờ khai hải quan cần thanh toán để hệ thống hiển thị chi tiết số tiền. Chức năng tra cứu nợ thuế này giúp doanh nghiệp xác định chính xác số tiền cần nộp. Bao gồm cả tiền thuế và lệ phí.

Khi thực hiện nộp lệ phí tờ khai hải quan online, cần kiểm tra kỹ số tờ khai và mã cơ quan hải quan mở tờ khai. Việc này để tránh trường hợp nộp nhầm cho tờ khai khác hoặc nộp nhầm chi cục, gây khó khăn cho việc điều chỉnh.

Bước 3: Tạo giấy nộp tiền (Chọn đúng loại phí)

Hệ thống sẽ hiển thị giao diện lập giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước. Tại đây, người làm thủ tục tích chọn vào các khoản cần nộp.

Quan trọng nhất khi nộp lệ phí tờ khai hải quan online là phải chọn đúng mã chương, mã tiểu mục:

• Tiểu mục lệ phí hải quan thường là 2653
• Thuế nhập khẩu là 1901…

Nếu chọn sai tiểu mục, hệ thống vẫn trừ tiền nhưng tờ khai sẽ không được thanh khoản lệ phí. Do đó, bước tạo giấy nộp tiền là bước quan trọng nhất trong quy trình nộp lệ phí tờ khai hải quan online.

Tìm hiểu thêm về: Mã tiểu mục thuế nhập khẩu là mã gì?

Bước 4: Ký số và gửi thông tin sang ngân hàng

Sau khi kiểm tra toàn bộ thông tin trên giấy nộp tiền, doanh nghiệp chọn ngân hàng thanh toán và nhấn nút “Ký và gửi”. Hệ thống sẽ yêu cầu nhập mã PIN của chữ ký số để xác thực lệnh nộp lệ phí tờ khai hải quan online.

Ngay sau khi ký thành công, thông điệp dữ liệu sẽ được chuyển sang cổng thanh toán của ngân hàng.

Nếu doanh nghiệp có cài đặt quy trình duyệt lệnh (Maker/Checker) tại ngân hàng, kế toán trưởng cần vào duyệt lệnh chuyển tiền để hoàn tất thao tác nộp lệ phí tờ khai hải quan online.

Bước 5: Kiểm tra trạng thái và thông quan

Sau khi ngân hàng trích nợ, hệ thống sẽ trả về trạng thái “Đã nộp tiền” hoặc gạch nợ hải quan thành công. Lúc này, tờ khai sẽ đủ điều kiện để thông quan (đối với Luồng Xanh/Vàng).

Doanh nghiệp có thể thực hiện in chứng từ nộp thuế (Giấy nộp tiền) hoặc giấy xác nhận nộp tiền có chữ ký số từ hệ thống để lưu hồ sơ kế toán. Việc lưu trữ chứng từ sau khi nộp lệ phí tờ khai hải quan online là bắt buộc để phục vụ công tác kiểm tra sau thông quan và quyết toán thuế.

Thực hiện đúng 5 bước trên giúp quy trình nộp lệ phí tờ khai hải quan online diễn ra nhanh chóng, đảm bảo hàng hóa được thông quan tức thì.

Các lưu ý quan trọng để tránh bị treo nợ cưỡng chế

Rất nhiều doanh nghiệp dù đã thực hiện nộp lệ phí tờ khai hải quan online nhưng vẫn bị hệ thống treo nợ. Dưới đây là cách khắc phục.

Quy định về thời hạn nộp lệ phí

Khác với thuế XNK phải nộp trước khi thông quan, lệ phí hải quan có thể nộp gộp theo tháng.

Trong quy trình nộp lệ phí tờ khai hải quan online, doanh nghiệp được phép thực hiện thanh khoản tờ khai cho các tờ khai phát sinh trong tháng vào 10 ngày đầu của tháng kế tiếp.

Tuy nhiên, để tránh quên và bị tính tiền chậm nộp, nhiều doanh nghiệp chọn cách nộp ngay theo từng tờ khai. Việc tuân thủ thời hạn nộp giúp doanh nghiệp tránh rơi vào nhóm nợ quá hạn 90 ngày dẫn đến bị cưỡng chế.

Xử lý khi hệ thống ngân hàng trừ tiền nhưng Hải quan chưa gạch nợ

Đây là lỗi kỹ thuật phổ biến nhất khi nộp lệ phí tờ khai hải quan online. Nguyên nhân có thể do nghẽn mạng hoặc sai sót trong quá trình truyền tin.

Nếu gặp tình trạng này, doanh nghiệp cần làm thủ tục tra soát thông tin nộp tiền (sử dụng mẫu C1-07) gửi đến Kho bạc hoặc cơ quan hải quan. Việc không xử lý kịp thời sẽ khiến khoản nợ bị treo nợ trên hệ thống. Từ đó dẫn đến rủi ro bị cưỡng chế dừng làm thủ tục hải quan cho các lô hàng tiếp theo.

Do đó, theo dõi trạng thái gạch nợ sau khi nộp lệ phí tờ khai hải quan online là cực kỳ quan trọng.

Xem ngay về: Mã miễn giảm thuế nhập khẩu

Giải pháp giúp tối ưu thuế và thủ tục hải quan từ PTN Logistics

Doanh nghiệp cần một đơn vị thực thi am hiểu tường tận quy trình nghiệp vụ để hiện thực hóa các ưu đãi thuế. PTN Logistics cung cấp giải pháp toàn diện, kết nối quy định pháp luật với thực tiễn thông quan.

Giải pháp thông quan trọn gói, chuẩn hóa theo Nghị định 134

Áp dụng chính xác Nghị định 134 đòi hỏi sự tỉ mỉ từ khâu xác định mã HS đến lập tờ khai. Bởi sai sót nhỏ cũng ảnh hưởng trực tiếp đến chi phí Landing Cost.

PTN Logistics cung cấp dịch vụ khai thuê hải quan chuyên nghiệp, cam kết rà soát kỹ lưỡng đối tượng chịu thuế và điều kiện miễn giảm trước khi truyền tờ khai chính thức. Đội ngũ nghiệp vụ sẽ thay mặt doanh nghiệp xử lý các thủ tục phức tạp như đăng ký danh mục miễn thuế tạo tài sản cố định hay báo cáo quyết toán hàng gia công.

Đặc biệt, quy trình hỗ trợ nộp lệ phí tờ khai hải quan online được tích hợp chặt chẽ trong gói dịch vụ. Nhờ đó đảm bảo dòng tiền thuế được xử lý nhanh chóng

Đội ngũ chuyên gia am hiểu pháp lý, giảm thiểu rủi ro sau thông quan

Sự thay đổi liên tục của các văn bản pháp quy, điển hình là Nghị định 18 sửa đổi Nghị định 134, đặt ra thách thức lớn về tính tuân thủ. PTN Logistics sở hữu đội ngũ nhân sự dày dạn kinh nghiệm, thường xuyên cập nhật các thông tư mới nhất để tham vấn cho khách hàng.

Không chỉ dừng lại ở việc hướng dẫn kỹ thuật như nộp lệ phí tờ khai hải quan online, đơn vị còn tư vấn chuyên sâu về hồ sơ hoàn thuế đối với hàng hóa nộp nhầm, nộp thừa.

Sự đồng hành của PTN Logistics giúp doanh nghiệp vững tâm trước các đợt kiểm tra sau thông quan. Đồng thời đảm bảo hồ sơ chứng từ luôn hợp lệ, giải trình minh bạch số liệu tồn kho thực tế so với tờ khai và.

Tóm lại nộp lệ phí tờ khai hải quan online là quy trình bắt buộc và cần thiết để đảm bảo hàng hóa được thông quan nhanh chóng. Doanh nghiệp cần nắm vững các thao tác kỹ thuật và quy định pháp lý để tránh các lỗi treo nợ không đáng có trên hệ thống hải quan. Liên hệ PTN Logistics để được tư vấn giải pháp nộp thuế và thủ tục hải quan trọn gói ngay hôm nay.

Thông tin liên hệ

• Hotline: 1900 2197 – 0935 333 999
• Email: nam.nguyen@ptnlogistics.com

Các câu hỏi thường gặp liên quan đến nộp lệ phí tờ khai hải quan online